医療費が多くかかった年に「医療費控除」を受けようと考えている方は、ふるさと納税の「ワンストップ特例制度」との関係に細心の注意を払う必要があります。不注意によって、ふるさと納税の減税メリットがすべて消滅してしまうリスクとその回避方法について解説します。
確定申告を出すと、ワンストップ特例は「自動的に無効」になる
ワンストップ特例は、「確定申告をしない会社員」を対象に簡略化された特例制度です。そのため、医療費控除の申請などの理由で確定申告書を税務署に1回でも提出した時点で、過去に各自治体に提出したワンストップ特例申請はすべて法的に無効化されます。
これは、地方税法において「確定申告の提出があった場合は、確定申告の記載内容を優先する」と定められているためです。自治体がワンストップの情報を住民税に反映してくれていても、確定申告によってそのデータが上書きされ消去されてしまいます。
無効化を防ぐための「確定申告での再申告」手順
医療費控除のために確定申告をする場合は、以下の手順でふるさと納税分も一緒に申告しなければなりません。
- 寄付した自治体から送られてきた「寄付金受領証明書」（またはポータルサイトからダウンロードできる「寄附金控除に関する証明書（XML）」）を手元に用意します。
- 確定申告の作成画面（国税庁の確定申告書等作成コーナーなど）で、医療費控除の入力と同時に、「寄附金控除」の欄を設け、ふるさと納税の寄付日、寄付先、寄付金額をすべて入力します。
- 確定申告書を税務署に提出（またはe-Taxで送信）します。
これにより、所得税からの一部還付と、住民税の控除の両方が適用され、本来受けるべきだった減税メリットが維持されます。忘れて提出してしまった場合は、更正の請求（修正申告）をしなければならず手間がかかりますので、申告時には十分ご注意ください。
ワンストップ特例の申請書だけ先に出していた場合の扱い
年内にワンストップ特例申請書をすでに自治体へ郵送済みで、年明けに医療費控除のために確定申告をする場合でも、自治体側での取り下げ手続きは不要です。確定申告書にふるさと納税の寄付金控除を正しく記載して提出すれば、地方税法の規定に基づき自動的に確定申告の内容が優先され、ワンストップ特例の申請内容は上書きされます。二重に控除されることも、逆に控除が漏れることもありませんので、慌てて自治体に連絡する必要はありません。
よくある質問（FAQ）
Q. 6自治体以上に寄付していてワンストップ特例が使えない場合と、医療費控除で無効になる場合の違いは？
A. どちらも最終的には確定申告で寄付金控除を申請する点は同じです。6自治体以上の場合は最初から確定申告が前提となるため申請書の提出自体が不要ですが、医療費控除の場合は「一度ワンストップ特例を申請した後に確定申告をする」形になるため、寄付金控除の記載漏れによる無効化リスクがより発生しやすい点が異なります。
Q. スマホの確定申告書等作成コーナーでも、ふるさと納税と医療費控除は同時に入力できる？
A. はい。国税庁の確定申告書等作成コーナーでは、医療費控除の入力画面と寄附金控除（ふるさと納税）の入力画面がそれぞれ別のステップとして用意されており、同じ申告書の中で両方を順番に入力して一緒に送信することができます。